Genetic diversity of cultivated native potato (solanum sp.) That preserves the agroecosystems of three communities of Huancavelica – Peru
DOI:
https://doi.org/10.54943/rcsxxi.v4i2.548Keywords:
Solanum, diversity, genotypes, haplotypes, microsatellitesAbstract
The potato (Solanum sp.) and its wild relatives belong to the Petota section. Species delimitation of this section is complicated due to various ploidy levels, high heterozygosity, and frequent interspecific hybridization; The genetic diversity of native potatoes in the Andean agroecological environment is subject to dynamic processes mainly between traditional peasant culture and the environment.
The purpose was to study the genetic diversity of cultivated native potatoes (Solanum sp.) at the molecular level, which preserve the agroecosystems of three communities in the Huancavelica Region in Peru.
131 collections were planted; Using 12 nuclear microsatellite “SSR” molecular markers, 116 alleles were recorded on 12 chromosomes, and 51 haplotypes were identified: 45 in Santa Cruz de Paccho Molinos, 20 in Chanquil, 16 in Huayanay with 61.1% duplicates.
The Molecular Variance analysis shows that 99.3% of the total variation is found within communities, and between communities it is 0.70%, there is genetic variation in farmers' collections; The fixation index (Fst = 0.07%) indicated low genetic structuring, therefore, there is a different individual or individuals within each community.
This genetic variation must be used in genetic improvement programs.
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References
Ashkenazi V., Chani E., Lavi U., Levy D., Hillel J. & Veilleux R. 2001. Development of microsatellite markers in potato and their use in phylogenetic and fingerprinting analyses. Genome, 44(1): 50-62. DOI: https://doi.org/10.1139/g00-096.
Bernardo L. 2015. Distribución espacial y genética de poblaciones de papas “kurau” (Solanum tuberosum subsp. andigena) en tres provincias de la Región Huánuco. s.l., Universidad Nacional Hermilio Valdizán Huánuco.
CIP (Centro Internacional de la Papa) & FEDECH (Federación Departamental de Comunidades Campesinas de Huancavelica). 2006. Catálogo de variedades de papa nativa de Huancavelica - Perú. CIP. Lima / Perú. https://hdl.handle.net/10568/101328.
CIP (Centro Internacional de Papa). 2004. Protocolos de laboratorio de biotecnología aplicada. Tipificación genética. Manual de capacitación.
De Haan S. 2009. Potato Diversity at Height: multiple dimensions of farmer-driven in-situ conservation in the Andes. PhD thesis Wageningen University. The Netherlands. https://edepot.wur.nl/2715.
De Haan S., Nuñez J., Bonierbale M ., M. & Van der Maesen J. 2013. A Simple Sequence Repeat (SSR) Marker Comparison of a Large In- and Ex-situ Potato Landrace Cultivar Collection from Peru Reaffirms the Complementary Nature of both Conservation Strategies. Diversity, 5(3): 505-521. https://doi.org/10.3390/d5030505.
De Vicente M.C. & Fulton T. 2004 Tecnologías de marcadores moleculares para estudios de diversidad genética de plantas: Módulos de aprendizaje. En: De Vicente M.C. & Fulton T. (eds.) Módulos de Aprendizaje sobre Marcadores Moleculares, 1-2 Ed. Vol 1 -2. Instituto Internacional de Recursos Filogenéticos (IPGRI), Roma- Italia.
Excoffier L. & Lischer H.E.L. 2010. Arlequin suite ver 3.5: A new series of programs to perform population genetics analyses under Linux and Windows. Molecular Ecology Resources, 10(3): 564-567. https://doi.org/10.1111/j.1755-0998.2010.02847.x.
Ghislain M, Andrade D., Rodríguez F., Hijmans R.J. & Spooner D.M. 2006. Genetic analysis o.f the cultivated potato Solanum tuberosum L. Phureja Group using RAPDs and nuclear SSRs. Theoretical and Applied Genetics, 113: 1515-1527. https://doi.org/10.1007/s00122-006-0399-7.
Ghislain M., Nuñez J., Herrera M., Pignataro J., Guzman F., Bonierbale M. & Spooner D. 2009. Robust and highly informative microsatellite-based genetic identity kit for potato. Molecular Breeding, 23: 377-388. https://doi.org/10.1007/s11032-008-9240-0.
Ghislain M., Spooner D., Rodríguez F., Villamon F., Nuñez J., Vasquez C., Waugh R. & Bonierbale M. 2004. Selection of highly informative and user-friendly microsatellites (SSRs) for genotyping of cultivated potato. Theoretical and Applied Genetics, 108: 881-890. https://doi.org/10.1007/s00122-003-1494-7.
Gómez R. 2000. Guía para las Caracterizaciones Morfológicas Básicas en Colecciones de Papas Nativas. CIPotato. Lima - Perú.
Gonzales F. 2016. Análisis multivariado. UACH. México.
INEI (Instituto Nacional de Estadistica e informatica). 2011. Evolución de la pobreza [en el Perú] al 2010. INEI. Perú. https://www.inei.gob.pe/media/MenuRecursivo/publicaciones_digitales/Est/lib0990/libro.pdf.
Kularb L, Kitiya A, Sompong C, Prakit S. 2022. Diversidad genética molecular del acervo genético del frijol alado en Tailandia evaluada mediante marcadores SSR. Planta hortica J. 2022; 8:81–8.
Mendoza H.A. 2011. Selección de variedades de papa. Primera edición. Alcántar H. (ed.). Lima – Perú.
Montalvo Otivo, J. M. (2019). Diversidad genética de papa nativa cultivada (Solanum sp) de cuatro comunidades de Huancavelica-Perú.
Ouni R, Zborowska A, Sehic J, Choulak S, Hormaza JI, Garkava-Gustavsson L, et al. 2020. Diversidad genética y estructura del germoplasma de pera local de Túnez según lo revelado por los marcadores SSR. Planta hortica J. 2020;6:61–70.
Roca L.A. 2015. Análisis de la diversidad genética de papas nativas de la zona suroeste del Departamento de Junín mediante el uso de marcadores moleculares microsatélites. Tesis para optar el Título de Biólogo. Universidad Nacional Agraria La Molina. http://repositorio.lamolina.edu.pe/handle/UNALM/1885.
Rohlf F.J. 1998. NTSYSpc Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System. User Guide. Version 2.0. Applied Biostatistics Inc. Setauket / New York.
Sevilla R., & Holle M. 2004. Recursos genéticos vegetales. Editorial Luis León Asociados, SRL.
Soto J. 2006. Análisis de la diversidad genética de papa nativa (Solanum spp.) de los departamentos de Ayacucho, Cajamarca, Cuzco, Huancavelica y Puno - Perú, mediante el uso de marcadores moleculares microsatélites. Tesis para optarl el Título profesional de Biólogo con Mención n Biología Celular y Genética. Universidad Nacional Mayor de San Marcos.
Spooner D., Núñez J., Trujillo G., Herrera MR., Guzmán F. & Ghislain M. 2007. Extensive simple sequence repeat genotyping of potato landraces supports a major reevaluation of their gene pool structure and classification. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 104(49): 19398-19403. https://doi.org/10.1073/pnas.0709796104.
Tapia M. 2003. ¿Es necesaria la conservación in situ de la agrobiodiversidad? Científicos Peruanos (CICP). Lima / Perú.
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